Ubuntu, Fedora で Octave バージョン 3.6.1 のビルドとインストールとテスト実行

【要点】

• Octave に GotoBLAS あるいは ATLAS（いずれも BLAS の実装)を組み込みたい． あるいは Intel Math Kernel Library (インテル・マス・カーネル・ライブラリ) とリンクさせたい．

• BLAS とは？

  BLAS(Basic Linear Algebra Subprograms)とは，行列演算，ベクトル演算の機能をもったプログラム群です． GotoBLAS や ATLAS は，無料で使えるソフトウエアの中では，BLAS 実装の決定版といってよいでしょう．※ 他にも，優れた実装が複数あります．

  ＜BLAS の機能の概要（ごく一部）＞

  • Level 1 ベクトルとベクトルの演算
    • DOT : 内積
    • AXPY : AXPY 演算 ( y <- ax + y の形など)
    • NORM : ノルム　など
  • Level 2 行列とベクトルと計算
    • 行列とベクトルの積 ( y <- Ax )
    • 行列の rank-1 更新 ( A <- A + xy' )
  • Level 3 行列同士の演算
    • 行列と行列の積 ( Z <- XY )

• LAPACK とは？

  LAPACK とは，行列に関する種々の計算（連立１次方程式，固有値問題，などなど多数）のソフトウエアです． LAPACK は Octave に必要です．

• BLAS (GotoBLAS あるいは ATLAS) を組み込むには， Octave をソースコードからビルドするのが簡単です．

  ※ GotoBLAS は素晴らしいプログラムで，しかも，無料で使えます．但し，GotoBLAS はフリーソフトウエアではありません．「再配布や，商用・業務利用は原則不可」と明記されています． 再配布不可ですから，ソースコードやビルドしたバイナリを人にあげることはできません（パソコンを借りてインストールしてあげる，ということも難しい，という意味です）．

  ※ GotoBLAS のライセンス条項に「不安」がある場合は，ATLAS を使うことも検討してください．（決して違法なことはしないように）．

  ※ ATLAS も素晴らしいプログラムで，無料で使えます． ATLAS は BSD ライセンスとなっているようです．ライセンスは，各自でよく確認してください． ライセンスからいうと，GotoBLAS より使い勝手が良さそうです．

• Octave をソースコードからビルドすると， Intel Math Kernel Library (インテル・マス・カーネル・ライブラリ) とリンクさせることも簡単にできます．

【この Web ページで行うこと】

• Linux を使います．

• Octaveは，ソースコードを使ってビルドします．

  http://www.gnu.org/software/octave/ Octave の本家 からソースコードをダウンロードします．

• ソースコードからビルドするので C, C++, Fortran コンパイラなどが必要です．

• この Web ページでは，SuiteSparse や Metis をソースコードからビルドする手順も補足的に書いています．

Octave のオンラインマニュアル

• Octave オンラインマニュアル: http://www.gnu.org/software/octave/docs.html
• GNU Octave 2.1.x 日本語マニュアル: http://www.obihiro.ac.jp/~suzukim/masuda/octave/html/

謝辞

本 Web ページは，Linux での Octave のビルドとインストール法に焦点をあてていますが， 本 Web ページの作成にあたっては， まず， 「octave for windowsメモの筆者」様（http://www.tatsuromatsuoka.com/octave/jpn/OctaveWinMemo.html）に， 2ちゃんねる (http://2ch.net/) の「データ解析ツールoctaveを語ろう」掲示板での議論を通して，数々の貴重なご教示，コメント頂きました． ありがとうございました．

• Metis の取り扱いについて

  Metis は再配布不可．ビルドしたバイナリであっても再配布不可

• GotoBLAS の取り扱いについて

  GotoBLAS は再配布不可．ビルドしたバイナリであっても再配布不可

• 「SuiteSparse のビルドでは，BLAS (GotoBLAS など) があった方がよいかも」というご示唆

  あった方が SuiteSparse の実行形式プログラムのビルドなどもできて便利．

などなど．

敬意を込めて， 「octave for windowsメモの筆者」様の URL を記しておきます． http://www.tatsuromatsuoka.com/octave/jpn/OctaveWinMemo.html

⇒ この Web ページは，分かりやすく，また，Octave に関係する種々の有益な情報が載ったページです． 情報の宝庫，オンリーワンの Web ページと言ってよいでしょう．

Ubuntu で Octave のソースコードのダウンロードとビルドとインストールを行うシェルスクリプト

楽をしたいのでシェルスクリプトを作りました。 １つ１つコマンドを入力したい（シェルスクリプトにしたくない）場合については、この Web ページの下で説明しています。 Octave バージョン 3.6.1 のダウンロードとビルドとインストールが行われます．前提ソフトウエアとして用いる graphicsmagick, curl, gsl, fftw3, glpk, qrupdate, suitesparce, lapack, atlas のインストールも行います。 Ubuntu 11.10 を用いて動作確認済みです．

■

#!/bin/bash
 
sudo apt-get -yV install build-essential

# GNU gcc, g++, gfortran を使う場合: gcc, g++, gfortran
# Intel Compiler を使う場合: CC=icc, icpc, ifort 
if [ -x /opt/intel/bin/icc ]; then 
  if [ -x /opt/intel/bin/ifort ]; then 
    echo USE Intel Compiler 
    export USEINTEL=YES
  fi
fi
if [ -x /opt/intel/bin/compilervars.sh ]; then 
    echo USE Intel MKL 
    export USEMKL=YES
fi

if [ "$USEMKL" = "YES" ]; then
  if [ `arch` = 'i686' ]; then
    source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32
  fi
  if [ `arch` = 'x86_64' ]; then
    source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
  fi
fi

# octave 前提ソフトウエア (Octave build dependency softwares)
cd /tmp; sudo apt-get source octave3.2
cd /tmp; sudo apt-get build-dep octave3.2

# /etc/ld.so.conf 
sudo cp /etc/ld.so.conf /etc/ld.so.conf.$$
echo "/usr/local/lib" | sudo tee -a >> /etc/ld.so.conf
echo "/usr/local/lib/octave/3.6.1" | sudo tee -a >> /etc/ld.so.conf
sudo /sbin/ldconfig

# graphicsmagick 
  sudo apt-get -yV --force-yes install graphicsmagick-dbg
  sudo apt-get -yV --force-yes install graphicsmagick
  sudo apt-get -yV --force-yes install graphicsmagick-imagemagick-compat
  sudo apt-get -yV --force-yes install graphicsmagick-libmagick-dev-compat
  sudo apt-get -yV --force-yes install libgraphics-magick-perl
  sudo apt-get -yV --force-yes install libgraphicsmagick++1-dev
  sudo apt-get -yV --force-yes install libgraphicsmagick++3
  sudo apt-get -yV --force-yes install libgraphicsmagick1-dev
  sudo apt-get -yV --force-yes install libgraphicsmagick3

# curl
  sudo apt-get -yV install curl
  sudo apt-get -yV install libcurl3-dbg
  sudo apt-get -yV install libcurl3-gnutls
  sudo apt-get -yV install libcurl3
  sudo apt-get -yV install libcurl4-gnutls-dev

# gsl
if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler 
  mkdir /tmp/gsl
  cd  /tmp/gsl
  apt-get source gsl
  sudo apt-get -yV build-dep gsl
  cd gsl-*
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort dpkg-buildpackage -rfakeroot
  cd ..
  sudo dpkg -i *.deb
else
# package install
  sudo apt-get -yV install gsl-bin
  sudo apt-get -yV install libgsl0-dbg
  sudo apt-get -yV install libgsl0-dev
  sudo apt-get -yV install libgsl0ldbl
fi

# fftw3
if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler 
  mkdir /tmp/fftw3
  cd  /tmp/fftw3
  apt-get source fftw3
  sudo apt-get -yV build-dep fftw3
  cd fftw3-*
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort dpkg-buildpackage -rfakeroot
  cd ..
  sudo dpkg -i *.deb
else
# package install
  sudo apt-get -yV install libfftw3-3
  sudo apt-get -yV install libfftw3-dev
  sudo apt-get -yV install libfftw3-doc
fi

# glpk
if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler 
  mkdir /tmp/glpk
  cd  /tmp/glpk
  apt-get source glpk
  sudo apt-get -yV install libiodbc2-dev 
  sudo apt-get -yV build-dep glpk
  cd glpk-*
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort dpkg-buildpackage -rfakeroot
  cd ..
  sudo dpkg -i *.deb
else
# package install
  sudo apt-get -yV install glpk-doc
  sudo apt-get -yV install glpk-utils
  sudo apt-get -yV install libglpk-dev
  sudo apt-get -yV install libglpk0-dbg
  sudo apt-get -yV install libglpk0
  sudo apt-get -yV install glpk
fi

# qrupdte 
if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler 
  mkdir /tmp/qrupdate
  cd  /tmp/qrupdate
  apt-get source qrupdate
  sudo apt-get -yV build-dep qrupdate
  cd qrupdate-*
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort dpkg-buildpackage -rfakeroot
  cd ..
  sudo dpkg -i *.deb
else
# package install
  sudo apt-get -yV --force-yes install libqrupdate-dev
  sudo apt-get -yV --force-yes install libqrupdate1
fi

# arpack 
if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler 
  mkdir /tmp/arpack
  cd /tmp/arpack
  apt-get source arpack
  sudo apt-get -yV build-dep arpack
  cd arpack-*
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort dpkg-buildpackage -rfakeroot
  cd ..
  sudo dpkg -i *.deb
else
# package install
  sudo apt-get -yV --force-yes install libarpack2-dbg
  sudo apt-get -yV --force-yes install libarpack2-dev
  sudo apt-get -yV --force-yes install libarpack2
fi

# suitesparse-metis  
if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler 
  mkdir /tmp/suitesparse-metis
  cd  /tmp/suitesparse-metis
  apt-get source suitesparse-metis
  sudo apt-get -yV build-dep suitesparse-metis
  cd suitesparse-metis-*
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort dpkg-buildpackage -rfakeroot
  cd ..
  sudo dpkg -i *.deb
else
# package install
  sudo apt-get -yV --force-yes install libsuitesparse-metis-3.1.0
  sudo apt-get -yV --force-yes install libsuitesparse-metis-dbg
  sudo apt-get -yV --force-yes install libsuitesparse-metis-dev
fi

# LAPACK をパッケージを用いてインストール (install the LAPACK softwares using package)
sudo apt-get -yV --force-yes install liblapack-dev
sudo apt-get -yV --force-yes install liblapack-test
sudo apt-get -yV --force-yes install liblapack-doc
sudo apt-get -yV --force-yes install liblapack3gf
sudo apt-get -yV --force-yes install liblapack-pic

# ATLAS をパッケージを用いてインストール (install the ATLAS softwares using package)
sudo apt-get -yV install libatlas-base-dev
sudo apt-get -yV install libatlas-dev
sudo apt-get -yV install libatlas-doc
sudo apt-get -yV install libatlas-test
sudo apt-get -yV install libatlas3gf-base

# BLAS 参照実装のダウンロードとビルド (Download BLAS reference implementarion and build it and install it) 
cd /tmp
if [ ! -f blas.tgz ]; then 
    wget http://netlib.org/blas/blas.tgz 
fi 
rm -rf BLAS
tar -xvzof blas.tgz
cd /tmp/BLAS
if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler 
  if [ `arch` = 'i686' ]; then
    make LOADER="ifort -fPIC" FORTRAN="ifort -m32 -fPIC" 
  elif [ `arch` = 'x86_64' ]; then
    make LOADER="ifort -fPIC" FORTRAN="ifort -m64 -fPIC" 
  fi
else
# GNU Compiler
  if [ `arch` = 'i686' ]; then
    make LOADER="gfortran -fPIC" FORTRAN="gfortran -m32 -fPIC" 
  elif [ `arch` = 'x86_64' ]; then
    make LOADER="gfortran -fPIC" FORTRAN="gfortran -m64 -fPIC" 
  fi
fi
cp /tmp/BLAS/blas_LINUX.a /usr/local/lib/libblas_LINUX.a


# Octave のダウンロードとビルドとインストール
cd /tmp
if [ ! -f octave-3.6.1.tar.gz ]; then 
    wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/octave/octave-3.6.1.tar.gz
fi

sudo rm -rf octave-3.6.1
tar -xvzof octave-3.6.1.tar.gz
cd octave-3.6.1


if [ "$USEINTEL" = "YES" ]; then
# Intel Compiler (インテル C++ Composer XE Linux 版, インテル Fortran Composer XE Linux 版を使う場合) 
  if [ `arch` = 'i686' ]; then
    echo "source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32" >> ~/.bashrc
  elif [ `arch` = 'x86_64' ]; then
    echo "source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64" >> ~/.bashrc
  fi
#
  # コンパイル時のエラー回避のため
  cat libgnu/malloca.c | fgrep -v verify > /tmp/malloca.c.$$
  cp /tmp/malloca.c.$$ libgnu/malloca.c
#  cat libcruft/arpack/util/second.f | sed 's/INTRINSIC/EXTERNAL/g' > /tmp/second.f.$$
#  cp /tmp/second.f.$$ libcruft/arpack/util/second.f
  cat libgnu/stdio.h | sed "s/_GL_CXXALIAS_SYS (getchar, int, (void));/\/\/_GL_CXXALIAS_SYS (getchar, int, (void));/g" | sed "s/_GL_CXXALIAS_SYS (putchar, int, (int c));/\/\/_GL_CXXALIAS_SYS (putchar, int, (int c));/g" | sed "s/_GL_CXXALIAS_SYS_CAST (vprintf, int, (const char *format, va_list args));/\/\/_GL_CXXALIAS_SYS_CAST (vprintf, int, (const char *format, va_list args));/g" > /tmp/stdio.h.$$
  cp /tmp/stdio.h.$$ libgnu/stdio.h
  if [ `arch` = 'i686' ]; then
  # Ubuntu 32 bit version
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort F1="-fPIC -DPIC -O2 -I/opt/include/mkl/include/ia32 -I/opt/include/mkl/include -I/opt/include/include/ia32 -I/opt/include/include -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/opt/intel/lib/ia32 -L/opt/intel/mkl/lib/ia32"             LIBS="-lmetis" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lmkl_intel -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread" --with-lapack="-lmkl_lapack95 -lmkl_intel -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread"
  elif [ `arch` = 'x86_64' ]; then
  # Ubuntu 64 bit version
  CC=icc CXX=icpc F77=ifort F1="-fPIC -DPIC -O2 -I/opt/include/mkl/include/intel64 -I/opt/include/mkl/include -I/opt/include/include/intel64 -I/opt/include/include -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/opt/intel/lib/intel64 -L/opt/intel/mkl/lib/intel64" LIBS="-lmetis" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread" --with-lapack="-lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread"
  fi
else
# GNU Compiler (GNU のコンパイラを使う場合) 
  if [ `arch` = 'i686' && -d /opt/intel/mkl/lib/ia32 ]; then  
    # try to use Intel MKL 32bit  (GNU のコンパイラ + インテル マス・カーネル・ライブラリー Linux 版) 
    F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/opt/include/mkl/include/ia32 -I/opt/include/mkl/include -I/opt/include/include/ia32 -I/opt/include/include -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/opt/intel/lib/ia32 -L/opt/intel/mkl/lib/ia32"             LIBS="-lmetis" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lmkl_gf -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread" --with-lapack="-lmkl_lapack95 -lmkl_gf -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread"
  elif [ `arch` = 'x86_64' && -d /opt/intel/mkl/lib/intel64 ]; then  
    # try to use Intel MKL 64bit  
    F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/opt/include/mkl/include/intel64 -I/opt/include/mkl/include -I/opt/include/include/intel64 -I/opt/include/include -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/opt/intel/lib/intel64 -L/opt/intel/mkl/lib/intel64" LIBS="-lmetis" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lmkl_gf_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread" --with-lapack="-lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread"
  elif [ -f /usr/lib/atlas-base/libptf77blas.a ]; then
    # Ubuntu package LAPACK and ATLAS (GNU のコンパイラ + Ubuntu のパッケージでインストールされた ATLAS と LAPACK) 
    F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/usr/include/atlas -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/usr/lib/atlas-base -L/usr/local/lib" LIBS="-lmetis -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lptcblas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" --with-lapack="-llapack_atlas -llapack -lptcblas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl"
  elif [ -f /usr/local/atlas/lib/libptf77blas.a ]; then
    # LAPACK and ATLAS build from source
    F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/usr/local/include -I/usr/local/atlas/include" LDFLAGS="-L/usr/local/lib -L/usr/local/atlas/lib" LIBS="-lmetis -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lptcblas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" --with-lapack="-ltmglib -llapack -lptcblas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl"
  elif [ -f /usr/lib/ibgoto2.a ]; then
    # GotoBLAS
    F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/usr/local/lib" LIBS="-lmetis -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lcblas -lgoto2 -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" --with-lapack="-llapack -ltmglib -lcblas -lgoto2 -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" 
  else
    F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/usr/include/atlas -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/usr/lib/atlas-base -L/usr/local/lib" LIBS="-lmetis -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" --with-lapack="-llapack -lf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl"
  fi
fi

# memo
# LIBS="-lmetis" CFLAGS="-I/usr/local/include -I/usr/local/atlas/include -mieee-fp -DH5_USE_16_API -fomit-frame-pointer -mfpmath=sse -msse3 -fno-schedule-insns2 -fopenmp -fno-tree-loop-optimize -fno-tree-vectorize -fexceptions -march=native -O3 -fopenmp" CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I/usr/local/atlas/include -mieee-fp -DH5_USE_16_API -fomit-frame-pointer -mfpmath=sse -msse3 -fno-schedule-insns2 -fopenmp -fno-tree-loop-optimize -fno-tree-vectorize -fexceptions -march=native -O3 -fopenmp" FFLAGS="-DH5_USE_16_API -fomit-frame-pointer -mfpmath=sse -msse3 -fno-schedule-insns2 -fopenmp -fno-tree-loop-optimize -fno-tree-vectorize -fexceptions -march=native -O3 -fopenmp" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-L/usr/local/atlas/lib -lptf77blas /usr/local/atlas/lib/libatlas.a -lgfortran -lpthread -lgomp" --with-lapack="-llapack_LINUX -ltmglib_LINUX -L/usr/local/atlas/lib -lptf77blas /usr/local/atlas/lib/libatlas.a -lgfortran -lpthread -lgomp"  

make -j4
make check
sudo make install

Ubuntu で, コマンドを手入力して，Octave のソースコードのダウンロードとビルドとインストールを行う

前もって決めておく事項

• 作業用ディレクトリ: /tmp (この Web ページでは /tmp と書きます)

1. 前提となるソフトウエアのインストール

◆ Ubuntu バージョン 11.10 の場合の操作手順例

Ubuntu の他のバージョンでも同様の手順になります

1. アップデート操作

   sudo apt-get -yV update
   sudo apt-get -yV upgrade
   sudo reboot
   

2. Octaveのビルドで用いる前提ソフトウエアのインストール

   # 前提ソフトウエア
   cd /tmp; sudo apt-get source octave3.2
   cd /tmp; sudo apt-get build-dep octave3.2
   # 開発環境等
   sudo apt-get -yV install make
   sudo apt-get -yV install patch
   sudo apt-get -yV install build-essential
   sudo apt-get -yV install autoconf
   sudo apt-get -yV install automake
   sudo apt-get -yV install autogen
   sudo apt-get -yV install flex
   sudo apt-get -yV install bison
   sudo apt-get -yV install gawk
   sudo apt-get -yV install libtool
   sudo apt-get -yV install ccache
   sudo apt-get -yV install binutils
   sudo apt-get -yV install openssl
   sudo apt-get -yV install libgmp3-devel
   sudo apt-get -yV install libmpfr-dev
   sudo apt-get -yV install libppl-dev
   sudo apt-get -yV install libmpc-dev
   sudo apt-get -yV install glpk
   sudo apt-get -yV install libfltk1.1-dev
   sudo apt-get -yV install cpp-4.4
   sudo apt-get -yV install gcc-4.4
   sudo apt-get -yV install g++-4.4
   sudo apt-get -yV install gfortran
   sudo apt-get -yV install gfortran-4.4
   sudo apt-get -yV install libreadline-dev
   # 
   sudo apt-get -yV install gperf
   sudo apt-get -yV install libqhull-dev
   sudo apt-get -yV install libftgl-dev
   sudo apt-get -yV install libgomp1
   # gsl
   sudo apt-get -yV install gsl-bin
   sudo apt-get -yV install libgsl0-dev
   sudo apt-get -yV install libgsl0-dbg
   sudo apt-get -yV install libgsl0ldbl
   # fftw3
   sudo apt-get -yV install libfftw3-3
   sudo apt-get -yV install libfftw3-dev
   sudo apt-get -yV install libfftw3-doc
   # graphicsmagick
   sudo apt-get -yV install graphicsmagick-dbg
   sudo apt-get -yV install graphicsmagick
   sudo apt-get -yV install libgraphics-magick-perl
   sudo apt-get -yV install libgraphicsmagick++1-dev
   sudo apt-get -yV install libgraphicsmagick++3
   sudo apt-get -yV install libgraphicsmagick1-dev
   sudo apt-get -yV install libgraphicsmagick3
   # curl
   sudo apt-get -yV install curl
   sudo apt-get -yV install libcurl3-dbg
   sudo apt-get -yV install libcurl3-gnutls
   sudo apt-get -yV install libcurl3
   sudo apt-get -yV install libcurl4-gnutls-dev
   sudo apt-get -yV install gnuplot
   # lapack
   sudo apt-get -yV install liblapack-dev
   sudo apt-get -yV install liblapack-doc
   sudo apt-get -yV install liblapack-pic
   sudo apt-get -yV install liblapack-test
   sudo apt-get -yV install liblapack3gf
   # atlas
   sudo apt-get -yV install libatlas-base-dev
   sudo apt-get -yV install libatlas-dev
   sudo apt-get -yV install libatlas-doc
   sudo apt-get -yV install libatlas-test
   sudo apt-get -yV install libatlas3gf-base
   # qrupdate
   sudo apt-get -yV install libqrupdate-dev
   sudo apt-get -yV install libqrupdate1
   # arpack
   sudo apt-get -yV install libarpack2-dbg
   sudo apt-get -yV install libarpack2-dev
   sudo apt-get -yV install libarpack2
   # SuiteSparse
   sudo apt-get -yV install libamd2
   sudo apt-get -yV install libbtf1
   sudo apt-get -yV install libcamd2
   sudo apt-get -yV install libccolamd2
   sudo apt-get -yV install libcholmod1
   sudo apt-get -yV install libcolamd2
   sudo apt-get -yV install libcsparse2
   sudo apt-get -yV install libcxsparse2
   sudo apt-get -yV install libklu1
   sudo apt-get -yV install libldl2
   sudo apt-get -yV install libsuitesparse-dbg
   sudo apt-get -yV install libsuitesparse-dev
   sudo apt-get -yV install libsuitesparse-doc
   sudo apt-get -yV install libumfpack5
   sudo apt-get -yV install libsuitesparse-metis
   sudo apt-get -yV install libsuitesparse-metis-dev
   

◆ Fedora の場合の実行例

1. パッケージの更新

   インストール前に「yum check-update; yum update」を実行しておくとトラブルが減るでしょう． これは更新可能な全パッケージを更新するという操作です．

   yum check-update
   yum update
   

2. 必須ソフトウエアのインストール

   Octave のビルドとインストールに必要になる次のソフトウエアをインストール済みであること．

   参考 Web ページ: http://www.rpmfind.net//linux/RPM/fedora/devel/src/octave-3.2.2-5.fc12.src.html

   ※ 下記のように「yum install ＜パッケージ名＞」で簡単にインストールできます．

   yum install bison
   yum install flex
   yum install less
   yum install tetex
   yum install gcc
   yum install gcc-c++
   yum install gcc-gfortran
   yum install lapack-devel
   yum install blas-devel
   yum install atlas-devel
   yum install ncurses-devel
   yum install zlib-devel
   yum install hdf5-devel
   yum install texinfo
   yum install qhull-devel
   yum install readline-devel
   yum install glibc-devel
   yum install fftw-devel
   yum install gsl-devel
   yum install gperf
   yum install ghostscript
   yum install curl-devel
   yum install pcre-devel
   yum install texinfo-tex
   yum install arpack-devel
   yum install libX11-devel
   yum install suitesparse-devel
   yum install glpk-devel
   yum install gnuplot
   yum install desktop-file-utils
   yum install GraphicsMagick-c++-devel
   yum install fltk-devel
   yum install ftgl-devel
   yum install qrupdate-devel
   yum install rpmlib
   yum install gsl-devel
   yum install ffmpeg
   yum install ffmpeg-devel
   

   ※ 要するに，「yum install ＜パッケージ名＞」で簡単にインストールできます．

3. シンボリックリンクの作成

   下記の操作を１度だけ行う

   cd /usr/lib64/atlas
   for i in *.so.3; do
     echo $i
     ln -s $i `basename $i .3`
   done
   

2. （オプション）前提ソフトウエアをソースコードからビルドしてインストール

あとで Octave のビルド時に configure を実行しますが，configure でエラーが出る場合，あるいは、octave のテスト時にエラーが出る場合など、 ソースコードからビルドし，インストールすることでエラーが回避できる可能性があります． （それぞれの Web ページを見てください）．

※かなり時間がかかりますので、エラーが出たときのみに試すのがいいと考えます。

＜それぞれのインストール手順の Web ページへのリンク＞

• GSL のインストール
• FFTW のインストール
• GLPK のインストール
• curl のインストール
• LAPACK のインストール
• ATLAS のインストール
• qrupdate のインストール
• arpack のインストール
• Metis と SuiteSparse のインストール

3. Octave のソースコードのダウンロード

ここで行うことは， Octave ソースコードをダウンロードすること．

1. http://www.gnu.org/software/octave/ を開く

2. 「Download」をクリック
   

3. 「Stable」をクリック
   

4. 「octave-3.6.1.tar.gz」をクリック
   

   ダウンロードが始まる．

5. ダウンロードしたファイルを /tmp に移す

4. Octave-Forge のソースコードのダウンロード

1. 今度は， http://octave.sourceforge.net/ を開く

2. 「Links」をクリック
   

3. 「http://sourceforge.net/projects/octave/」をクリック
   

4. 「Files」をクリック
   

5. 「Octave Forge」をクリック
   

6. 最新版をクリック
   

7. ファイルをクリック
   

8. ダウンロードしたファイル (octave-forge-bundle-20090607.tar.gz ) を /tmp に移す

   あとで役に立つことが多いので、ダウンロードしておく．

5. Octave のビルドとインストールの手順

1. 先ほどダウンロードした octave-3.6.1.tar.gz を解凍

   cd /tmp
   sudo rm -rf octave-3.6.1
   tar -xvjof octave-3.6.1.tar.gz
   

   

   結果の確認（実行結果の例をここに示す）．

   

2. /etc/ld.so.conf の調整

   設定例は次の通り

   ■ Octave バージョン 3.6.1 の場合

   /usr/local/lib
   /usr/local/lib/octave/3.6.1
   

   ◆ Ubuntu 12.04 での設定例

   

3. sudo /sbin/ldconfig の実行
   

4. cd octave-3.6.1 の実行

5. configure の実行

   configure の実行については，いくつかの場合を説明します．

   ■ 　 Ubuntu の場合 ■ 　

   • Ubuntu で Intel Math Kernel Library(インテル マス・カーネル・ライブラリー) をインストール済みで，それを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • インテル マス・カーネル・ライブラリー Linux 版
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ configure の操作例

     F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/opt/include/mkl/include/intel64 -I/opt/include/mkl/include -I/opt/include/include/intel64 -I/opt/include/include -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/opt/intel/lib/intel64 -L/opt/intel/mkl/lib/intel64" LIBS="-lmetis" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lmkl_gf_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread" --with-lapack="-lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread"
     

     

   • Ubuntu で，ATLAS をパッケージを用いてインストール済みで，それを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • ATLAS (Ubuntu のパッケージ)
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ATLAS のインストールの後， コンソールで次の操作を行う．

     ◆ configure の操作例

     F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/usr/include/atlas -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/usr/lib/atlas-base -L/usr/local/lib" LIBS="-lmetis -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" --with-lapack="-llapack_atlas -llapack -lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl"
     

     

   • Ubuntu で，ATLAS をソースコードからビルドしてインストール済みで，それを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • ATLAS 3.9.53 (ソースコードからビルドしてインストール)
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ATLAS のインストールの後， コンソールで次の操作を行う．

     ◆ configure の操作例

     F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/usr/local/include -I/usr/local/atlas/include" LDFLAGS="-L/usr/local/lib -L/usr/local/atlas/lib" LIBS="-lmetis -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lptcblas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" --with-lapack="-ltmglib -llapack -lptcblas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl"
     

     

   • Ubuntu で，GotoBLASを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • GotoBLAS
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     GotoBLAS のビルドとインストールの後， コンソールで次の操作を行う．

     ◆ configure の操作例

     F1="-fPIC -DPIC -fomit-frame-pointer -O2 -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/usr/local/lib" LIBS="-lmetis -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lcblas -lgoto2 -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" --with-lapack="-llapack -ltmglib -lcblas -lgoto2 -lgfortran -lgomp -lpthread -ldl" 
     

     

   ■ 　 Fedora の場合 ■ 　

   • Fedora で ATLAS をリンクして使いたい場合
     • ATLAS (Ubuntu のパッケージ)
     • GNU コンパイラ
     • Fedora

     ◆ configure の操作例 1:

     ATLAS は yum を使ってすでにインストール済みで，それを使いたい場合は，コンソールで次の操作を行う．

     cd octave-3.6.1
     CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran LIBS="-lm" CFLAGS="-O3 -fexceptions" CPPFLAGS="-O3 -fexceptions" FFLAGS="-O3 -fexceptions" ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --enable-shared --enable-dl --disable-static --with-blas="-L/usr/lib64/atlas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lpthread" --with-lapack="-L/usr/lib64/atlas -llapack" --with-qrupdate-libdir=/usr/local/lib
     

     ※ なお，metis をリンクしたい場合には「LIBS="-lmetis -lm"」を付ける．

     ※ OpenMP も使いたい場合は，CFLAGS と CPPFLAGS に「-fopenmp」を付ける

     ※ Core2 プロセッサであり，かつ，64 ビット Linux を使っている場合.

     • 64 ビット Linux なので「-m64」を付ける．
     • Core2 プロセッサなので「-mfpmath=sse -msse4.2 -march=native」を付ける．（gcc 等のバージョンによっては，「-mfpmath=sse -mssse3 -march=core2」に変えることもある）

       ※ -mnative は Pentium 系のマシンにおいて「そのマシンの CPU に特化したコードを生成する」という意味．詳しくは「gcc -E -v -march=native -」

     つまり，以下の通り

     cd octave-3.6.1
     CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran LIBS="-lm" CFLAGS="-O3 -fexceptions -m64 -march=native -mfpmath=sse -msse4.2" CPPFLAGS="-O3 -fexceptions -m64 -march=native -mfpmath=sse -msse4.2" FFLAGS="-O3 -fexceptions -m64 -march=native -mfpmath=sse -msse4.2" ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --enable-shared --enable-dl --disable-static --with-blas="-L/usr/lib64/atlas -lptf77blas -latlas -lgfortran -lpthread" --with-lapack="-L/usr/lib64/atlas -llapack" --with-qrupdate-libdir=/usr/local/lib
     

     

     ◆ configure の操作例 2:

     ATLAS を自前でビルドした場合で，それを使いたい場合は，コンソールで次の操作を行う．

     ATLAS を自前でビルドした場合には「-L/usr/lib64/atlas」の部分は「-L/usr/local/atlas/lib」のように変える．例えば，次のようになる．

     p ※ ATLAS は自前でビルドするよりも，yum atlas-devel でインストールした方が楽だと思います．

     

   • Fedora で GotoBLAS をリンクして使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • GotoBLAS
     • GNU コンパイラ
     • Fedora

     GotoBLAS のビルドとインストールの後， コンソールで次の操作を行う．

     ◆ configure の操作例

     cd octave-3.6.1
     CC=gcc CXX=g++ F77=gfortran LIBS="-lm" CFLAGS="-O3 -fexceptions" CPPFLAGS="-fexceptions" FFLAGS="-O3 -fexceptions" ./configure --prefix=/usr/local --enable-static --enable-shared --enable-dl --disable-static --with-blas="-lgoto -lgfortran -lpthread" --with-lapack="-llapack_LINUX -ltmglib_LINUX" --with-qrupdate-libdir=/usr/local/lib
     

     ※ なお，metis をリンクしたい場合には「LIBS="-lmetis -lm"」を付ける．

6. configure の結果の確認

   ※ エラーメッセージが出ていないこと を確認してください

   ■ 　 Ubuntu の場合 ■ 　

   • Ubuntu で，ATLAS をパッケージを用いてインストール済みで，それを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • ATLAS (Ubuntu のパッケージ)
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ configure の実行結果例

     

   • Ubuntu で，ATLAS をソースコードからビルドしてインストール済みで，それを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • ATLAS 3.9.53 (ソースコードからビルドしてインストール)
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ configure の実行結果例

     

   • Ubuntu で，GotoBLASを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • GotoBLAS
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ configure の実行結果例

     

   ■ 　 Fedora の場合 ■ 　

   Fedora での configure の実行結果例

   

7. （インテルのコンパイラを使うときに限る）インテルのコンパイラを使ってビルドしたいときは，ソースコードの調整を行う

   libgnu/stdio.h を次のように変更

   

   libgnu/verify.h の 「#define _GL_HAVE_STATIC_ASSERT 1」の行をコメントアウト

8. make の実行

   make -j4
   

   

9. make の結果の確認

   ■ 　 Ubuntu の場合 ■ 　

   • Ubuntu で Intel Math Kernel Library(インテル マス・カーネル・ライブラリー) をインストール済みで，それを使いたい場合
     • インテル マス・カーネル・ライブラリー Linux 版
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ make の実行結果例

     

   • Ubuntu で，ATLAS をパッケージを用いてインストール済みで，それを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • ATLAS (Ubuntu のパッケージ)
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ make の実行結果例

     

   • Ubuntu で，ATLAS をソースコードからビルドしてインストール済みで，それを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • ATLAS 3.9.53 (ソースコードからビルドしてインストール)
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ make の実行結果例

     

   • Ubuntu で，GotoBLASを使いたい場合
     • Octave 3.6.1
     • GotoBLAS
     • GNU コンパイラ
     • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

     ◆ make の実行結果例

     

   ■ 　 Fedora の場合 ■ 　

   Fedora での make の実行結果例

   (octave バージョン 3.2.3 の場合)

   

10. make check の実行

    make check
    

    

11. make check の結果の確認

    ■ 　 Ubuntu の場合 ■ 　

    • Ubuntu で Intel Math Kernel Library(インテル マス・カーネル・ライブラリー) をインストール済みで，それを使いたい場合
      • Octave 3.6.1
      • インテル マス・カーネル・ライブラリー Linux 版
      • GNU コンパイラ
      • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

      ◆ make check の実行結果例

      
    • Ubuntu で，ATLAS をパッケージを用いてインストール済みで，それを使いたい場合
      • Octave 3.6.1
      • ATLAS (Ubuntu のパッケージ)
      • GNU コンパイラ
      • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

      ◆ make check の実行結果例

      

    • Ubuntu で，GotoBLASを使いたい場合
      • Octave 3.6.1
      • GotoBLAS
      • GNU コンパイラ
      • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

      ◆ make check の実行結果例

      
    • Ubuntu で，GotoBLASを使いたい場合
      • Octave 3.6.1
      • GotoBLAS
      • GNU コンパイラ
      • Ubuntu 12.04, 64 ビット版

      ◆ make check の実行結果例

      

    ※ Octave バージョン 3.2.4 の場合， 次のようなエラーが出る場合がある．

    scripts/image/imread.m ... octave: magick/semaphore.c:525: LockSemaphoreInfo: Assertion `semaphore_info != (SemaphoreInfo *) ((void *)0)' failed.
    panic: Aborted -- stopping myself...
    

    

    これは，GraphicsMagick の新しいバージョンに，Octave バージョン 3.2.4 が対応していないことに起因するエラーである． GraphicsMagick の古いバージョンをインストールすることで解決する場合がある．

    1. GraphicsMagick-1.2.7.tar.gzのダウンロード→解凍
    2. .configure または .configure --without-perl
    3. make
    4. make install

    ■ 　 Fedora の場合 ■ 　

    Fedora での make check の実行結果例

    Octave バージョン 3.2.3 の場合

    
    ※ eigs.c でのエラーが出る場合: arpack が原因である可能性がある．「--without-arpack」を付けて，configure からやり直す．

12. sudo make install の実行

    sudo make install
    

    

13. make install の結果の確認

    □ Ubuntu での実行結果例

    

Octave-forge のインストール

1. Octave-forge ソースコードの入手を済ませておくこと

   http://sourceforge.net/projects/octave

   詳しい手順は，この Web ページの上の方に記述しています．

2. Octave-forge ソースコード octave-forge-bundle-200900607.tar.gz を /tmp に解凍

   cd /tmp
   tar -xvzof octave-forge-bundle-200900607.tar.gz
   

3. .octaverc の設定

   ホームディレクトリに，ファイル「.octaverc」を作成しておく． 下記の「pkg install ...」の実行時に 「UINT_64_C was not declared in this scope」のようなエラーが出ることを防ぐために、下記の設定を行う．

   setenv("CFLAGS", "-D__STDC_CONSTANT_MACROS");
   setenv("CXXFLAGS", "-D__STDC_CONSTANT_MACROS");
   

4. インストール

   octave を起動し，「pkg install ...」でインストールします．

   for i in /tmp/octave-forge-bundle-20090607/main/*.tar.gz; do echo $i; echo "pkg install -global -forge `basename $i .tar.gz | sed 's/\-[0-9\.]*//g'`" | sudo octave; done
   

   

5. (オプション) パッケージの追加

   「pkg install -global -forge ...」を使って簡単に追加できる．

   for i in NaN-2.0.4 actuarial-1.1.0 bim-1.0.1 control-2.1.53 dataframe-0.8.2 econometrics-1.0.8 es-0.0.4 fenv-0.1.0 fits-1.0.1 fl-core-1.0.0 fpl-1.2.0 ga-0.9.8 general-1.2.2 generate_html-0.1.3 gnuplot-1.0.1 gpc-0.1.7 image-1.0.14 io-1.0.14 java-1.2.7 linear-algebra-2.0.0 miscellaneous-1.0.11 msh-1.0.2 nan-2.4.1 nlwing2-1.2.0 nnet-0.1.13 nurbs-1.3.3 ocs-0.1.1 octcdf-1.1.2 octgpr-1.2.0 octproj-1.0.2 ode-1.0.1 odepkg-0.6.12 openmpi_ext-1.0.2 optim-1.0.16 optiminterp-0.3.3 parallel-2.0.5 plot-1.0.8 pt_br-1.0.9 signal-1.0.11 sockets-1.0.7 specfun-1.0.9 statistics-1.0.10 struct-1.0.9 tsa-4.1.0 vrml-1.0.11 fuzzy-logic-toolkit-0.2.3; do echo $i; echo "pkg install -global -forge `echo $i | sed 's/\-[0-9\.]*//g'`" | sudo octave; done
   

6. (オプション) 最新版に更新

   「pkg install -global -forge ...」を使って簡単に更新できる．

   for i in /tmp/octave-forge-bundle-20090607/main/*.tar.gz; do echo $i; echo "pkg install -global -forge `basename $i .tar.gz | sed 's/\-[0-9\.]*//g'`" | sudo octave; done
   for i in /tmp/octave-forge-bundle-20090607/extra/*.tar.gz; do echo $i; echo "pkg install -global -forge `basename $i .tar.gz | sed 's/\-[0-9\.]*//g'`" | sudo octave; done
   

7. インストールされたパッケージの確認
   

8. テスト実行

   ためしに、video パッケージの機能を使って，avi 形式のビデオファイルの読み込みと、フレーム100番の表示を行ってみます。 （OpenCV に付属の avi ファイルを使っています）

   pkg load video
   img = aviread("/usr/local/share/opencv/samples/c/tree.avi", 100);
   imshow(img);
   

   

cd main
tar -xvzof image-1.0.10.tar.gz
cd image-1.0.10
cd src
sh autogen.sh
CFLAGS="-I/usr/local/include/octave-3.6.1 -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/usr/local/lib/octave-3.6.1 -L/usr/local/lib" LIBS="-lavcodec -lavdevice -lavutil -lavformat -lswscale -lpng12 -lm" ./configure
make LIBS="-lavcodec -lavdevice -lavutil -lavformat -lswscale -lpng12 -lm"
make install

性能測定の例

• ハードウエア
  • Intel Xeon W 3520 (2.67GHz)

• ソフトウエア
  • OS: Linux (Fedora 12)
  • Octave バージョン 3.2.3, 本ページの手順でビルド
  

• 要点: Intel MKL と ATLAS の両方を試す．

実測値の概要

【お断り】プログラムのテストを行っていない．他のプロセスを止めるなどしていない（従って，比較ではなく，傾向を見るための参考値だと思ってください）．※ 単位は秒で，３桁目を四捨五入．

【実測値の例】Intel Xeon W3520, Octave バージョン 3.2.3

(a) 行列と行列の積: X = rand(2000,2000); Y = rand(2000,2000); Z = X * Y

(b) LU 分解 (LU decomposition): X = rand(2000,2000); [L, U, P] = lu(X)

(c) 正方行列の逆行列: X = rand(2000,2000); [Z, RCOND] = inv(X)

(d) 行列式 (determinant): X = rand(2000,2000); [D, RCOND] = det(X)

(e) Singular Value Decomposition (SVD), X = U*S*V: X = rand(2000,2000); [U, S, V] = svd(X)

(f) QR factorization (QR decomposition ともいう): X = rand(2000,2000); [Q, R, P] = qr(X)

(g) 分散共分散行列: X = rand(2000,2000), Y = rand(2000,2000); Z = cov(X, Y)

(h) 分散共分散行列の固有値と固有ベクトル（主成分分析）: X = rand(2000,2000); [v, L] = eig( cov(X) )

to be filled

(i) princpmp 関数による主成分分析: X = rand(2000,2000); [pc, z, w, Tsq] = princomp(X)

(j) 2次元の畳み込み（コンボリューション）: X = rand(2000,2000); B = rand(21); Z = conv2(X, B, 'full')

(k) 2次元の高速フーリエ変換 (FFT): X = rand(2000,2000); Z = fft2(X, 2000, 2000)

(l) convex hull: x = rand(1000000,1); y = rand(1000000,1); H = convhull(x, y)

【実測値の例】Intel Xeon W3520, Octave バージョン 3.2.3, Intel MKL

今度は，Octave を Intel Math Kernel Library (Intel MKL) とリンクしてみる．

インストール手順の一部分

(a) 行列と行列の積: X = rand(2000,2000); Y = rand(2000,2000); Z = X * Y

(b) LU 分解 (LU decomposition): X = rand(2000,2000); [L, U, P] = lu(X)

(c) 正方行列の逆行列: X = rand(2000,2000); [Z, RCOND] = inv(X)

(d) 行列式 (determinant): X = rand(2000,2000); [D, RCOND] = det(X)

(f) QR factorization (QR decomposition ともいう): X = rand(2000,2000); [Q, R, P] = qr(X)

(g) 分散共分散行列: X = rand(2000,2000), Y = rand(2000,2000); Z = cov(X, Y)

(h) 分散共分散行列の固有値と固有ベクトル（主成分分析）: X = rand(2000,2000); [v, L] = eig( cov(X) )

(i) princpmp 関数による主成分分析: X = rand(2000,2000); [pc, z, w, Tsq] = princomp(X)

(i) 2次元の畳み込み（コンボリューション）: X = rand(2000,2000); B = rand(21); Z = conv2(X, B, 'full')

(j) 2次元の高速フーリエ変換 (FFT): X = rand(2000,2000); Z = fft2(X, 2000, 2000)

(k) convex hull: x = rand(1000000,1); y = rand(1000000,1); H = convhull(x, y)

Ubuntu で インテル C++ Composer XE Linux 版, インテル Fortran Composer XE Linux 版をインストール済みで，それらを使いたい場合

• インテル マス・カーネル・ライブラリー Linux 版
• インテル C++ Composer XE Linux 版, インテル Fortran Composer XE Linux 版
• Ubuntu 12.04, 64 ビット版

CC=icc CXX=icpc F77=ifort F1="-D_GL_HAVE_STATIC_ASSERT=0 -fPIC -DPIC -O2 -I/opt/include/mkl/include/intel64 -I/opt/include/mkl/include -I/opt/include/include/intel64 -I/opt/include/include -I/usr/local/include" LDFLAGS="-L/opt/intel/lib/intel64 -L/opt/intel/mkl/lib/intel64" LIBS="-lmetis" CFLAGS="$F1" CPPFLAGS="$F1" FFLAGS="$F1" ./configure --enable-static --enable-shared --enable-dl --with-blas="-lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread" --with-lapack="-lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_thread -liomp5 -lpthread"

◆ configure の操作例

Ubuntu で インテル C++ Composer XE Linux 版, インテル Fortran Composer XE Linux 版をインストール済みで，それらを使いたい場合

• インテル マス・カーネル・ライブラリー Linux 版
• インテル C++ Composer XE Linux 版, インテル Fortran Composer XE Linux 版
• Ubuntu 12.04, 64 ビット版

◆ configure の実行結果例

Ubuntu で インテル C++ Composer XE Linux 版, インテル Fortran Composer XE Linux 版をインストール済みで，それらを使いたい場合

• インテル マス・カーネル・ライブラリー Linux 版
• インテル C++ Composer XE Linux 版, インテル Fortran Composer XE Linux 版
• Ubuntu 12.04, 64 ビット版

◆ make の実行結果例